Banyak yang ragu untuk membuat taman atap (roof garden), karena masalah yang timbul di kemudian hari. Masalah taman atap skala bangunan tinggi, misal hotel dan perkantoran tentu berbeda dengan taman atap skala rumah, karena luas taman, kegiatan dan ornamen yang digunakan. Tapi, ada masalah yang sama antara taman atap bangunan tinggi dan taman atap rumah. Masalah yang perlu diperhatikan sebelum membuat taman atap; antara lain :

1.Taman atap hampir sama dengan taman di atas tanah. Akan tetapi, pada taman atap perlu dihitung daya dukung bangunan untuk menahan taman yang ada di atasnya. Beban taman, antara lain ; media tanam, tanaman, kolam renang, hard material (bangku taman, lampu taman, boks tanaman), dan beban orang yang berkegiatan di atasnya. Apakah konstruksi bangunan sudah memperhitungkan beban taman atap?

2.Hal paling dikhawatirkan kebocoran pada atap bangunan, karena beban taman dan air yang merembes (air hujan atau penyiraman tanaman).

3.Kerusakan secara mekanis yang berdampak pada bangunan. Kerusakan mekanis bisa berupa ; akar yang telah membesar dan merusak lapisan kedap air, bahan kimia, atau gesekan barang-barang yang ada di atas atap.

4.Sistem drainase yang tidak teratur dan tersistem dengan baik, sehingga dapat menyebabkan penyumbatan di beberapa titik.

5.Media tanam terlalu berat (tanah), sehingga menambah beban pada bangunan.

6.Tidak menggunakan geotextile yang dapat menyaring partikel, sehingga partikel masuk ke dalam saluran drainase dan menyumbat saluran.

7.Tidak memperhitungkan area yang tidak rata, yang dapat menimbulkan genangan air pada saat hujan.

8.Jenis tanaman tidak sesuai dengan area atap yang tinggi dan berangin kencang, misal menggunakan tanaman berdaun lebar (pisang-pisangan, daun mudah robek diterpa angin). Menggunakan tanaman yang mudah menggugurkan daun, misal bambu. Pohon yang tidak mudah tumbang ditiup angin kencang, sehingga perlu pengaman tambahan.

9.Taman di atas dapat dirancang terbuka atau tertutup (area terkena sinar matahari langsung atau area yang berada di bawah naungan). Jenis tanaman yang digunakan harus sesuai dengan lokasi tumbuh. Area tanam yang terkena sinar matahari langsung, harus menggunakan tanaman yang tumbuh baik di bawah sinar matahari langsung, misal rumput, pohon, semak (yang tumbuh baik di bawah sinar matahari langsung misal ; agave).