Pohon memberikan kesan visual yang sangat kuat pada taman, termasuk taman atap. Akan tetapi, menanam pohon di taman atap memerlukan berbagai pertimbangan, karena ukuran besar (pertimbangan mobilisasi dari tanah ke taman atap) dan resiko penyebaran akar, cabang, dan daun yang tidak terkendali dapat mengakibatkan kerusakan pada konstruksi.

Pemilihan pohon untuk taman atap mempunyai beberapa syarat ; agar pohon tumbuh subur, mudah dalam pemeliharaan dan perawatan, dan aman. Kondisi penanaman pohon di atas atap harus mempertimbangkan konstruksi bangunan (daya dukung bangunan), tiupan angin, dan kerusakan mekanis karena pertumbuhan akar yang tidak terkendali.

Untuk menanam pohon di atas atap, ada beberapa hal yang perlu dipertimbangkan ;

1.Pilih Pohon yang mempunyai daun kecil dan kerapatan (jarang-sedang), agar tidak menghambat angin, misal bunga kupu-kupu (bauhinia purpurea), dan yang liu (salyx babylonia).

2.Hindari pohon yang mempunyai daun lebar dan rapat, karena mudah menahan angin, misal biola cantik (Ficus lyrata), dan ketapang (Terminalia Catappa). Pohon yang mudah menahan angin, membahayakan, karena mudah roboh.

3.Pilih pohon yang mempunyai akar serabut, misal palem sadeng, (livistonia rotundifolia) dan kurma (phoenix daetilifera).

4.Hindari pohon yang mempunyai akar tunjang, pohon jenis ini mempunyai akar yang sulit dikendalikan dan dapat merusak lapisan konstruksi atap bangunan, misal pohon beringin (ficus benjamina).

5.Cabang pohon dipangkas (cropping) dan dikendalikan secara teratur, agar tidak ada cabang yang terlalu lebat yang dapat menahan angin.

6.Gunakan steger (penopang) agar pohon tidak roboh (steger dari bambu dengan tinggi 0.75 meter- 2.0 meter, tergantung jenis dan kebutuhan).

7.Kedalaman media tanah untuk pohon kira-kira 100-150 cm (tergantung jenis pohon).

8.Penyiraman (irigasi) pada pohon secukupnya (tidak berlebihan). Jika terdapat kelebihan air pada saat penyiraman dan pada musim hujan, kelebihan air disalurkan melalui saluran drainase, untuk mengurangi kerusakan waterproofing.

9.Agar beban bangunan berkurang, sebaiknya menggunakan media tanam yang ringan, misal kombinasi peat moss, kompos, organic, dan vermiculite atau perlite. Media tanam ini tidak menahan kelebihan air.